Spółdzielcze kasy w Polsce od początku swojego istnienia budują własny system ochrony oszczędności. Jednym z celów Krajowej Spółdzielczej Kasy Oszczędnościowo-Kredytowej (Kasa Krajowa) jest ochrona oszczędności złożonych przez Członków SKOK-ów. Dla jego realizacji został sformułowany Program Ochrony Oszczędności. Celem Programu jest zapewnienie bezpiecznego i solidnego funkcjonowania wszystkich SKOK-ów w Polsce poprzez efektywny nadzór, lustracje oraz programy naprawczo-stabilizacyjne dla zapobiegania trudnościom finansowym i upadłościom kas. W ramach Programu oszczędności Członków SKOK są objęte ubezpieczeniem do wysokości 100.000 EURO.

Zastosowanie tego ubezpieczenia oznacza, że oszczędności w spółdzielczych kasach zostały objęte ochroną równoważną do gwarancji depozytów, stosowaną w bankach, która oparta jest o działalność Bankowego Funduszu Gwarancyjnego. Warte podkreślenia jest, że żaden bank w Polsce nie posiada gwarancji Skarbu Państwa i żaden polski bank nie daje lepszych gwarancji od SKOK.

Program Ochrony Oszczędności, obejmujący wszystkie SKOK-i, realizowany jest przez dwie instytucje. Pierwszą z nich jest Kasa Krajowa, która na mocy ustawy z dnia 14 grudnia 1995 r. o spółdzielczych kasach oszczędnościowo-kredytowych (Dz.U. z 1996 r. Nr 1, poz. 2) spełnia funkcje nadzorcze (w tym także związku rewizyjnego), funkcje stabilizujące (w oparciu o fundusz stabilizacyjny tworzony z wkładów SKOK-ów) oraz utrzymania płynności (funkcja kasy centralnej).

W ramach sprawowanego przez siebie nadzoru, Kasa Krajowa między innymi ustala normy dopuszczalnego ryzyka w działalności kas, przeprowadza lustrację kas, dokonuje kontroli ich działalności w trybie nadzoru, ustala wymogi kwalifikacyjne dla Członków Zarządów kas, posiada możliwość zakazania prowadzenia działalności określonego rodzaju oraz wzywania do usunięcia stwierdzonych uchybień i zawieszenia Zarządu.

Te oraz inne jeszcze uprawnienia ustawowe wraz z możliwościami finansowymi funduszu stabilizacyjnego, który wynosi obecnie 1 % aktywów SKOK, dobrze chronią system przed niewypłacalnością. Jednakże kompletny system chroniący oszczędności powinien składać się z dwóch komponentów: pierwszy koncentruje się na zapobieganiu ryzykom i programach naprawczych (w przypadku SKOK-ów jest to funkcja stabilizacyjna), natomiast drugi obejmuje wypłatę depozytów (do określonego poziomu) w przypadku upadłości.

Drugą zatem instytucją, wchodzącą w skład systemu bezpieczeństwa oszczędności w kasach spółdzielczych, jest Towarzystwo Ubezpieczeń Wzajemnych SKOK (TUW SKOK), które - poczynając od miesiąca maja 1998 roku - ubezpiecza oszczędności zgromadzone w SKOK-ach. TUW SKOK jest towarzystwem ubezpieczeniowym podlegającym nadzorowi Komisji Nadzoru Finansowego. Od 2007 roku TUW SKOK, podobnie jak Bankowy Fundusz Gwarancyjny, jest członkiem European Forum of Deposit Insurers, organizacji zrzeszającej instytucje zajmujące się gwarantowaniem depozytów w krajach europejskich.

Na podstawie art. 35 pkt 5 ustawy o s.k.o.k. Kasa Krajowa ustaliła normę dopuszczalnego ryzyka dotyczącą bezpieczeństwa środków pieniężnych zgromadzonych przez Członków SKOK-ów, wprowadzając z dniem 01.05.1998 r. obowiązek posiadania przez SKOK-i ubezpieczenia tych środków.

Realizując swoje obowiązki wynikające z ustawy oraz statutu, SKOK-i wprowadzają w życie dobre praktyki zarządzania, działają zgodnie z zasadami Spółdzielczych Kas Oszczędnościowo-Kredytowych i kodeksem etycznym, jednolitymi procedurami świadczenia usług i prowadzenia kontroli. Kasy realizują indywidualne programy budowy kapitału i zarządzania ryzykiem oraz tworzą niezbędne rezerwy, w tym szczególnie na poczet pożyczek i kredytów przeterminowanych. Władze kas stale podnoszą swoje kwalifikacje w celu zapewnienia najwyższej jakości kadry zarządzającej.

Kasa Krajowa utrzymuje także zasoby finansowe na potrzeby wzajemnego kredytowania dla SKOK-ów mających problemy z płynnością. W sytuacji wyjątkowej, zagrożona utratą płynności kasa może zaciągnąć pożyczkę (kredyt) by sprostać popytowi na fundusze. Ta funkcja Kasy Krajowej pomaga SKOK-om zaspokoić potrzeby ich Członków w zakresie pożyczek i wycofywania oszczędności.

System SKOK w Polsce należy zatem rozpatrywać jako całość złożoną ze wzajemnie się uzupełniających elementów, których celem jest realizacja ustawowych zadań kas i Kasy Krajowej.